Однажды, еще во время обучения в академии, Иоанну привиделся сон, будто он заходит в апсиду большого собора и выходит через его южные врата, предназначенные не для мирян, а для церковнослужителей. Именно в этом неведомом молодому священнику соборе ему предстоит прослужить всю свою жизнь.

Иоанн женился на дочери протоиерея Константина Несвицкого, служившего в Андреевском соборе в Кронштадте. Именно этот собор, в котором он прежде никогда не бывал, и приснился святому. После венчания с Елизаветой Константиновной Иоанн был рукоположен в сан диакона, а в конце 1855 года — в сан иерея.

В краткой официальной биографии пастыря сказано: "У меня нет и не было детей". В дневнике от 19 октября 1866 года — спустя десять лет после женитьбы и рукоположения — находим следующую запись размышлений Иоанна о своем коллеге. Он пишет: "Живу девственником — не то что ты".